המלצה חמה לרופאי משפחה ואיך לצפות בצילומי mri ו ct בדביאן.

כאשר אנחנו רוצים להציג את המידע הרפואי של מטופל בקוד פתוח ובצורה מאובטחת,  ניתן להשתמש בכלים פתוחים בשביל להציג את המידע.

 

נכון שעם קבצי ה DICOM בדר"כ תהיה תוכנה מצורפת, אבל האמת , עדיף להשתמש בכלי תוכנה חופשית בשביל להציג את המידע. למה זה טוב ? כי אתם לא תלויים בספק מסוייק בדרך כלל ויש יותר עיניים שעוברות על התוכנה ובודקות האם התוכנה הזאת בטוחה או לא. בדביאן למשל נהוג שתוכנות לא ישלחו מידע לגורם שלישי בלי אישור מפורש ופעולה מפורשת ויש דף שמסביר אילו תוכנות מדליפות מידע לגורם שלישי.

לאחר ביצוע ה MRI יכולים להתקבל קבצים במספר תקנים, ראיתי בנתיים את  האפשרויות קובץ dcm בודד,  מספר רב של קבצי dcm ביחד  עם קובץ index  ו xml  , מספר קבצי dcm עם קובץ txt המגדירים את הסביבה , מספר קבצי png וקובץ xml המגדיר את הסביבה. תיקיית dicomdir, וקבצי ה dcm הם פרוסות הסריקה.

מכיוון שחלק מהתוכנות שמיועדות להציג את המידע כתובות את התכנים לא תומכות בעברית, עדיף שאת השמות תרשמו אך ורק באותיות אנגליות (ascii). כי התוכן שיהיה בתוך הקבצים יכול להשבר אם משתמשים בשפה העברית מספר תעודת הזהות מוצג כמו שצריך כי זה מספר, שמות הקבצים והתוכן לגבי המטופל הולכים לאיבוד, למשל לקחתי קובץ dcm שיוצר ע"י מערכת של Planmeca ProMax ואני רואה שהוא מקודד ל ISO_IR 100 כאשר התוכן בפועל היה מוכנס בשפה העברית. השם של המטופל מוצג כ:

000002d0              10 00 3f 3f  3f 3f 5e 3f 3f 3f  3f   |..PN..????^???|
000002e0   3f 3f 3f                                        |???           |

כן אילו הם סימני שאלה בתוך המידע, את הבעיה הזאת פתרו במספר תוכנות ע"י שהם מצרפים את קובץ ה xml  וה אtxt המכילים את פרטי המטופל (כן , זה הולך נגד הרעיון של dicom אבל יש הבדל בן מצויי לרצויי.

בפלט של מכשיר סימנס למשל שמתי לב שדגם המכשיר לא מוכל בתוך קובץ ה dcm אלא רק את שם החברה. גם שם אני רואה את הקידוד ISO_IR_100 , ייתכן וזה פשוט הגדרת ברירת המחדל במכשירים הללו.

ניתן לצפות בתוכן בשתי גישות:

דורש פחות מקום בדיסק: אם רוצים להסתקל אך ורק על קבצי dcm (בלי לבצע stacking) ניתן להשתמש בAeskulp ושם לבחור ב Open ולסמן את כל קבצי ה dcm ישירות וללחוץ open.

 
דורש יותר מקום בדיסק:

בכלי dicomscope ובכלי xmedcon צריך קודם לאסוף את כל הקבצים לקובץ dicom בודד ע"י שימוש ב medcon

    medcon -f *.dcm -c dicom -stack3d -n -qc 
    

ולאחר מכן ניתן יהיה לפתוח את הקובץ הבודד בשביל לצפות בתוכן שלו ע"י מעבר אחד אחרי השני, ניתן כמובן לטעון קובץ אחר קובץ אבל זה די מייאש. אם ממש ממש רוצים ניתן אפילו להשתמש ב GiMP בשביל לפתוח את הקבצים הללו (רק שזה פחות אינטואטיבי) .

את הקבצים ניתן לקבל במספר דרכים, הצורה שאני ממליץ לכם היא  בצורת CD, אבל אם אתם רוצים להסתכן אז באמצעות גישה ברשת.

 

ניתן לקבל  באמצעות פקודות curl משרת ה pacs שלכם, אם למשל משתמשים ב dicom-server זה יהיה בהנחה והממשק נגיש תחת hospital.local :

curl --request GET "https://hospital.local/studies/$study_id/series/$series_id/instances/$instance_id" --header "Accept: application/dicom; transfer-syntax=*" --output "suppressWarnings.txt"

המשתנים $series_id $study_id ו $instance_id ניתן לקבל מהמאפיינים הידועים לנו מראש (אפשר לקבל את זה מכל קובץ dcm קודם שוהרדתם כבר או קיבלתם במייל / הודעה וכו ). במידע ובשרת שלכם הפעילו oauth2 יהיה צריך להעביר גם את ה barrier (כפי שאני מבין, אימות הוא אופציאונאלי).

בדקתי דוגמאות מפה , וראיתי שניתן לצפות בהם , בחלק מהמקרים נתקלתי בבעיה, מכיוון שממש לא ברור לי מה הרישיון של המידע שם בחרתי שלא להציג את התמונות הללו.

את הדוגמאות הבאות לקחתי מNEMA המגיע בפורמט dicomdir, תחת ההנחה כי ניתן להשתמש בחומר הזה, הזוכיות לתוכן המקורי (ומה שמקושר ) שייכים ל NEMA.

דוגמא להצגה בממשק של dicomscope:

 

 דוגמא לממשק של Aeskulap:

 

דוגמא לממשק של xmedcon:

המלצה חמה:

תעדיפו לקבל את הקבצים על CD ישן וטוב, ולא לשלוח את המידע הרפואי של המטופל שלכם במייל או יותר גרוע לקבל גישה לשרת ה PACS שלא דרך רשת LAN, כי כאשר תהיה דליפת מידע או פריצה, והיא תהיה, עדיף שעל המחשבים שלכם ובמערכות שייפרצו יהיה הכי פחות מידע. כשיש לכם גישה לשרת PACS, לפורצים גם תהיה גישה, ושם המשתמש והסיסמא שלכם לא יעזרו לכם, זה לא שאלה האם המערכת שלכם תפרץ או לא, והאם תהיה דליפת נתונים, השאלה היא מתי.  דברו עם איש ה IT שלכם שיסביר לכם איך להגדיר מפתח GPG בשבילכם שתוכלו לדבר עם המטופלים שלכם בצורה מאובטחת, כאשר תהיה דליפה המידע יהיה מוצפן בתיבות וזה לא יפגע במטופלים שלכם.